O  trabalho final do Mestrado Profissional deve ser sempre vinculado a problemas concretos da área de atuação do profissional-aluno e de acordo com a finalidade e os objetivos do curso, podendo ser apresentado em diversos formatos. Essa diretriz está sedimentada na Portaria 17, de 2009, que admite e estimula a adoção de diferentes modelos para o trabalho de conclusão no mestrado profissional.

O programa publica em seu site a lista de projetos de pesquisa dos seus alunos que estão em fase de elaboração